Zum Ende jeder Saison, wird die A-Junioren Meisterschaft ausgespielt. Dabei messen sich die besten A-Jugend Mannschaften der Bundesrepublik Deutschland. Um an der A-Junioren Meisterschaft teilnehmen zu können bzw. sich zu qualifizierten, muss jede Mannschaft Sieger der insgesamt drei A-Junioren Bundesligastaffeln sein.

Darüber hinaus qualifiziert sich der Beste Zweitplatzzierte für die Meisterschaft. Da es insgesamt drei Staffeln gibt und sich nur ein zweitplatzierter qualifizieren kann, ist hier eine besondere Regelung vom DFB getroffen worden.

Es gibt eine Leistungstabelle in der die einzelnen Staffeln Punkte sammeln können, sodass die Staffel mit den meisten Punkten, am Ende den vierten Teilnehmer der A-Junioren Meisterschaft stellt. Stehen die Teilnehmer fest, werden die Begegnungen mit Hin- und Rückspiel ausgespielt. Dabei kommt der jeweilige Sieger ins Finale. Das Finale findet dann auf einem neutralen Platz statt. Der Sieger ist dann A-Junioren Meister.